Сведений о жизни учёного сохранилось крайне мало. Родился предположительно в Хиве в 783 году. В некоторых источниках аль-Хорезми называют «аль-маджуси», что указывает на его происхождение из рода зороастрийских жрецов, позже принявших ислам. Родина Аль-Хорезми — Хорезм, включавший в себя территорию теперешнего Узбекистана, в том числе часть Каракалпакии, и часть Туркмении. Последнее упоминание об аль-Хорезми относится к 847 году, когда умер халиф аль-Васик. Аль-Хорезми упоминается среди лиц, присутствовавших при его кончине. Принято считать, что он умер в 850 году.