Синдром Картагенера является разновидностью генетически детерминированного заболевания - первичной цилиарной (реснитчатой) дискинезии. Первичная цилиарная дискинезия (ПЦД), или синдром неподвижных ресничек, характеризуется врождённым нарушением мукоцилиарного клиренса. При ПЦД поражаются подвижные структуры клеток: реснички и жгутики. В основе синдрома лежит отсутствие ресничек (мерцательная аплазия) или их дефект, который делает невозможным осуществление колебаний (цилиарная неподвижность) или правильного биения ресничек (цилиарная дискинезия).