Bakteriyalar shakllari juda xilma-xil bo'lib, uch asosiy shaklga bo'linadi: kokklar, bacillalar va spirillalar. Kokklar sharsimon shaklga ega; ular yakka-yakka, juft, zanjir yoki to'pgullar holida uchraydi. Bacillalar tayoqchasimon shaklda bo'lib, ular odatda zanjir hosil qilishi mumkin. Spirillalar esa spiral yoki buralgan shakllarda uchraydi va ba'zan burama harakat qila oladi. Bu shakllar bakteriyalarning atrof-muhit bilan o'zaro ta'sirini va harakatlanishini osonlashtiradi. Shakl bakteriyalarning ekologik moslashuvi va infektsiya tarqatishda muhim rol o'ynaydi. Har bir shakl bakteriyalarga turli vaziyatlarda yashash va ko'payishda yordam beradi.