Qashqadaryo tabiiy geografik okrugining iqlimi yozda issiq, quruq va davomli, qishi nisbatan iliq. Shimol va sharqdan tog'lar bilan o'ralgan bo'lib, bu Arktika va Sibirdan keladigan sovuq havo massalarining yo'lini to'sadi. G'arbiy qismi esa ochiq bo'lib, mo'tadil dengiz va subtropik havo massalarining kirib kelishiga imkon beradi